下記の部分について、

    input.addEventListener('change', () => {
      todos.forEach((item) => {
        if (item.id === todo.id) {
          item.isCompleted = !item.isCompleted;
        }
      });
      localStorage.setItem('todos', JSON.stringify(todos));
    });

todo 一つ一つに Event をつけているため、checkbox をクリックした todo 要素として区別できるため、下記のように forEach を使って todo 一つ一つを IF で判別せずに書くコードでも、同じように動作するように思えました（わたしの勘違いかもしれません。。あと、説明が分かりづらくすみません）

    input.addEventListener('change', () => {
      todo.isCompleted = !todo.isCompleted;

      localStorage.setItem('todos', JSON.stringify(todos));
    });

このように簡略化した書き方でも問題ないでしょうか？