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その上でこちらで何をしたいかというと、ここでチェックされた todo の id を使って、その id に対応する todos の要素の isCompleted プロパティを反転させればいいですね。

とあるのですが、自分の考えが正しいのかを判断してほしいです。

1. aaa bbb ccc という要素と追加したとする
   この時 todos には 0 aaa 1 bbb 2 ccc というそれぞれの todo がある。

2. 例えば、0 aaa にクリックがされたとき、item に 0 aaa という配列の要素が入る。

3. item の 0 aaa と todos の 0 aaa は同じものなので、 初期値 false の isCompleted を true に反転。

これを localStorage で保存するから、更新しても true のままつまり、チェックされたままになる。
odos の 1 bbb 2 ccc と item の 0 aaa は違うので、何も起こらない。