動画の 0:59 から、以下のようにおっしゃられていますが、
item の id と todos の id が異なるのはなぜですか？

その上で、こちらでは、この item の id が、この todos の id と異なるものだけを抽出すれば、結果として todos からクリックされた要素を削除できるので、return item.id が todo.id と違うものだけ抽出して、新しい配列を作ってね、とします。