こんにちは。

if (confirm('are you sure?')) { }

のところで質問です。
構成がよくわからないですが、OK が押された場合は

{ if (isDevMode) ...isDevMode = !isDevMode;  }

がなされるという意味ですか？
OK でない場合は何も変更がないので

{ if (isDevMode) ...isDevMode = !isDevMode; }

がなされないとことですか？

buttonElement.addEventListener('click', ()=> {
    if (confirm('are you sure?')) {
      if (isDevMode) {
        pElement.textContent = 'Dev Mod is off'; 
      } else {
        pElement.textContent = 'Dev Mod is on';      
      }
      isDevMode = !isDevMode;
    }
});