buttonElement.addEventListener('click', () => {
 if(confirm('Are you sure?') === false) {
  return;
 }

1. if(confirm('Are you sure?') === false) のコードを、
2. if(!confirm('Are you sure?')) に書き変えていますが、なぜでしょうか?

どちらも同じ挙動になり、1 の方が直感的にも分かりやすいと感じました。