.box3 { background-color: tomato;}の段階で検証ページを見てみますと、文字の大きさは16pxでBoxのheightは、24pxとなっています。

ただ、 display: inline;とした場合には、添付写真の通り、Boxのheightがauto設定になって16pxと書いており文字の大きさに一致しています。

理由がわかりません。