今回通常時は.overlayをopacity:0;にして、#openをクリック時にopacity: 1;にしていますが、
opacityの代わりにdisplay: none;→display: block;で表示でもいいのでしょうか？
display: none;で試してみたらpointer-eventsの設定をしなくてもうまくいったのでどうなのかと思いました。

ご回答よろしくお願いします。