function setupDots() {
    for (let i = 0; i < slides.length; i++) {
      const button = document.createElement("button");　　　　　//①ボタン要素の生成を定数buttonに代入
      dots.push(button);　　　　　　　　　　　　　　　　　　　//②ボタン要素を生成しdots配列に入れる
      document.querySelector("nav").appendChild(button);　　　　//③navの子要素としてボタン要素を生成
    }
    dots[0].classList.add("current");　　　　　　　　　　　　　　//④dots配列のインデックス番号0番にcurrentクラスを付与
  }

試しに④の dots 配列のインデックス番号を 1 や 2 に変更しましたが、appendChild で追加したボタンに反映されていました。
うまく説明できなく申し訳ないのですが、どう紐づいているのか教えて頂けませんでしょうか。