inactiveクラスにpointer-events: none;　を追加し、

.inactive {
opacity: 0.6;
pointer-events: none;
}

とすれば、main.js のすべての箇所（全3か所）で
if (start.classList.contains('inactive') === true) {
return;
}
この３行が不要になるかと思います。

pointer-events: none;　利用による何か非推奨の事がありますか？