この .container をまずは header に適応させてみたいのですが、横方向に padding があると話がややこしくなるので、一旦上下方向の padding だけにしておきます。

→ header についている横方向の padding を 0 に変更しましたが、これをもと通り 16px に戻せば
.container に width: calc(100% - 32px); をつけなくても横につく余白は同じ幅なので問題ないのでは？と考えたのですがいかかでしょうか。
width: calc(100% - 32px); で margin としてつけた方がよいのでしょうか。
よろしくお願い致します。