li 要素を取得せずに、

checkboxes.forEach(checkbox => {
  if(checkbox.checked) {
    checkbox.parentNode.remove();
  }
});

としても問題ないでしょうか？
画面上の挙動は確認し、問題なさそうに思ったのですが、
もし問題があれば指摘していただきたいです。