それから Box 1 2 3 が通常の配置から外れるので container の中身がなくなって、この青枠の高さがなくなるはずです。

上記の「Box 1 2 3 が通常の配置から外れるので container の中身がなくなって」の意味がよく分かりません。
HTML では、BOX1、2、3 全て、container の中に入っていると思うのですが。