これまで HTML/CSS/JavaScript で作成したアプリケーションはDockerを介さずに動かすことができ、実装することができました。おそらく、これらのHTML/CSS/JavaScriptのコードを、そのままサーバーに移動しても（サーバーのOSがLinuxでも）動かせるのではないかと思います。

同じように、PHPで作成したアプリケーションもそのままサーバー上で動かせるのではないかと考えており、

ただ、手元の PC の環境と、サーバー側の環境では OS やアプリケーションの設定が異なっていることがほとんどです。 したがって、こちらの環境で構築したアプリケーションをそのままこちらに移しても、うまく動きません。

と説明されている理由がわかりません。

Docker の上で構築している理由をもう少し詳しく、できれば、「うまく動きません」とされている具体的な例を挙げて教えていただきたいです。宜しくお願い致します。