fetch や then のあたりが理解できず躓いております。

Todo.php にて

header('HTTP', true, 404);

とありますが、どういった流れでこの文章が JavaScript 側に送られるんでしょうか？
main.js には fetch と then が同じページに二箇所にあり、 Todo.php には header が二箇所にありますが、
JavaScript 側は、どうやって「この header の内容は、この処理で使う物だ」と見分けているんでしょうか？

混乱していて、疑問点が的確にお伝えできているか不安なのですが、教えていただけますと幸いです。