e.targetとe.currentTargetについて、それぞれ明らかにliとulとわかる状況ですが、
ここで「if」を使って、e.targetが LIだったらと一応書く理由を教えていただきたいです。

Ifを書かない下記パターンでも問題なく動作しました。

  document.querySelector('ul').addEventListener('click', e => {
    e.target.classList.toggle('done');
  });

今後複雑になった時の為とかでしょうか？