既に質問にあるように、定数を数値にする場合には

{
  const n = Number(prompt('Yen?'));
  const amount = Number((n / 138.91).toFixed(2));
  console.log(`USD: ${Number(amount).toLocaleString()}`);
}

このように Number() で toFixed() ごと囲えば良いと思い
実際に試してみたところ、正常に動作し、カンマ , で区切られた値が表示されたのですが
この場合なにかデメリットがあれば教えてください。