startTime は中身を入れずに、 let で定義されていて
start のイベントリスナーのスコープの中でのみ Date.now() と定義されている、と理解しています。

countUp の関数や、 stop のイベントリスナーの中でも
スタートボタンを押した地点として使えるのはなぜですか。

スタート、カウントアップ、ストップ、の一連の動作が繋がっていれば
スコープが違っても let の上書きは引き継がれるということなのでしょうか。